-Năm 1994: xây dựng khoa khoa học cơ bản, trên cơ sở sáp nhập và tổ chức lại các bộ môn Toán, Lí, Hóa, Sinh học, Triết học Mác-Lênin, Ngoại ngữ, thể dục thể thao, Quân sự.

-Năm 1998: xây dựng khoa Y học cổ truyền, trên cơ sở sáp nhập bộ môn Đông y và trường Trung học Tuệ Tĩnh 2.

-Năm 1998: xây dựng khoa Điều dưỡng-Kỹ thuật y học trên cơ sở sáp nhập trường Trung học Kỹ thuật Y tế TW3.

-Năm 1999: xây dựng khoa Y tế công cộng trên cơ sở sáp nhập bộ môn Y tế công cộng với khoa Tổ chức – quản lý y tế của Viện vệ sinh Y tế công cộng.

-Năm 2000: bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh được thành lập trên cơ sở phát triển phòng khám đa khoa của trường.