Năm 2017, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh đã hoàn thành việc Kiểm định cơ sở giáo dục theo tiêu chuẩn của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Năm 2018, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh gia nhập mạng lưới các trường đại học trong khối ASEAN, với vai trò là thành viên liên kết của AUN. 
Hình thành từ năm 1998, hiện nay AUN có 30 trường đại học là thành viên chính thức và 117 trường đại học là thành viên liên kết. AUN-QA xác định vai trò hoạt động với mục đích nhằm nâng cao chất lượng tại các cơ sở giáo dục đại học, phối hợp với các tổ chức trong khu vực và quốc tế vì lợi ích chung của cộng đồng ASEAN. 
Tính từ năm 2007 đến hết tháng 5 năm 2021, AUN-QA thực hiện 214 đợt đánh giá chất lượng các chương trình đào tạo, với 659 chương trình đào tạo được đánh giá tại các trường đại học trong khối ASEAN. Ở cấp cơ sở giáo dục, đến nay đã có 8 trường đại học được đánh giá chất lượng theo tiêu chuẩn AUN-QA. Việc gia nhập mạng lưới AUN và tham gia các hoạt động đánh giá chương trình đào tạo và cơ sở giáo dục là một hoạt động có ý nghĩa, giúp các cơ sở giáo dục đại học thực hiện tự đánh giá, đối sánh, đánh giá ngoài, cải tiến chất lượng, phát triển và hội nhập.

Trong hai năm 2018 và 2019, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh đã cử 7 cán bộ chuyên trách công tác bảo đảm chất lượng cấp trường và cấp khoa tham gia 17 đợt tập huấn của AUN-QA, về đánh giá chất lượng cấp chương trình đào tạo, kiểm định viên, đánh giá chất lượng cơ sở giáo dục, thiết kế chương trình đào tạo dựa trên chuẩn đầu ra. Bên cạnh đó, nhà trường cũng cử các cán bộ tham gia nhiều hoạt động trong lĩnh vực giáo dục đại học và bảo đảm chất lượng trong mạng lưới bảo đảm chất lượng của các trường đại học trong cả nước, và có 30 cán bộ hoàn thành các khóa đào tạo kiểm định viên do Trung tâm Kiểm định chất lượng giáo dục và Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh tổ chức. Ngoài ra, đội ngũ giảng viên và cán bộ chuyên trách công tác bảo đảm chất lượng còn là những thành viên tích cực đóng góp trong các hoạt động của mạng lưới trong nước và trên thế giới, tham gia nhiều khóa đào tạo tập huấn dài hạn và ngắn hạn của các tổ chức quốc tế như các chuỗi chương trình của dự án Chiến lược Đối thoại và Đổi mới trong Giáo dục đại học của ASEAN-QA, với mục đích nâng cao trình độ, năng lực công tác, tham gia đào tạo và tăng cường hoạt động của mạng lưới bảo đảm chất lượng, xây dựng văn hóa chất lượng, phát triển và hội nhập.
Được xây dựng theo mô hình ba cấp (cấp chiến lược, cấp hệ thống, cấp chức năng), mạng lưới đảm bảo chất lượng bên trong của Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh hiện nay bao gồm 76 thành viên. Với đội ngũ cán bộ có năng lực chuyên môn nghiệp vụ được đào tạo căn bản, tinh thần trách nhiệm và khả năng phối hợp cao, hoạt động bảo đảm chất lượng giáo dục tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh đã từng bước phát triển và đạt được những thành tựu đáng ghi nhận.