Năm 1947: Trường Đại học Y khoa Sài Gòn, thường gọi là Y khoa Đại học đường Sài Gòn, được thành lập, như một phân hiệu của trường Y khoa Hà Nội. GS. C.Massias được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng phân hiệu này. (GS. Pierre Daléas, Phó Khoa trưởng của Trường Y Dược Hà Nội phụ trách; GS. Pierre Daléas được xem là vị “Khoa trưởng” đầu tiên của trường.)
Năm 1954: Trường chính thức mang tên Trường Đại học Y Dược Sài Gòn, hay thường được gọi ngắn gọn là Trường Y khoa Sài Gòn hoặc gọi một cách trang trọng là Y Dược Đại học đường Sài Gòn (do Chính phủ Việt Nam Cộng hòa quản lý).
Ngày 31.12.1961: Y Dược Đại học đường Sài Gòn được phân chia thành Y khoa Đại học đường Sài Gòn và Dược khoa Đại học đường Sài Gòn.
Ngày 12.08.1962: Ban Nha khoa thuộc Y khoa Đại học đường Sài Gòn trở thành Nha khoa Đại học đường Sài Gòn. Cả 3 trường hoạt động độc lập trong Viện Đại học Sài Gòn.
Ngày 16.11.1966: Y khoa Đại học đường Sài Gòn chính thức chuyển về Trung tâm Giáo dục Y khoa trên đường Hồng Bàng, Quận 5. Trung tâm có cơ sở vật chất khá tiện nghi, hiện đại lúc bấy giờ, được sử dụng chung cho 2 trường: Y khoa Đại học đường Sài Gòn và Nha khoa Đại học đường Sài Gòn, với 1 đại giảng đường 500 chỗ ngồi, 3 giảng đường với mỗi giảng đường có 300 chỗ ngồi, thư viện và đầy đủ các khu y học cơ sở cùng với các phòng thí nghiệm.
Ngày 27.10.1976: Thủ tướng Chính phủ ký quyết định số 426/TTg ngày 27/10/1976 về một số vấn đề cấp bách trong mạng lưới các trường đại học ở miền Nam, theo đó trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh được thành lập trên cơ sở hợp nhất ba trường: Y khoa Đại học đường Sài Gòn, Dược khoa Đại học đường Sài Gòn, Nha khoa Đại học đường Sài Gòn.
Trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh có 3 khoa trực thuộc gồm Khoa Y, Khoa Răng Hàm Mặt và Khoa Dược, 10 phòng chức năng và 57 bộ môn tại 3 Khoa. Đơn vị chủ quản của trường là Bộ Y Tế.
Năm 1990: Trường xây dựng định hướng chiến lược phát triển Trường Đại Học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh thành trường đa ngành trong lĩnh vực khoa học sức khỏe, mục tiêu là phát triển thêm 4 khoa mới và một bệnh viện thuộc Trường.
Năm 1994: Xây dựng Khoa Khoa học Cơ bản trên cơ sở sáp nhập và tổ chức lại các bộ môn Khoa học Xã hội Nhân văn và các Bộ môn Khoa học cơ bản của các khoa. Khoa Khoa học cơ bản đảm trách giảng dạy các môn chung, các môn Khoa học Xã hội Nhân văn và các môn khoa học cơ bản cho tất cả các chương trình đào tạo.
Năm 1998: Xây dựng Khoa Y học Cổ truyền trên cơ sở sáp nhập trường Trung học Y tế Tuệ Tĩnh và Bộ môn Đông Y của Khoa Y đảm trách các chương trình đào tạo về Y học Cổ truyền và học phần y học cổ truyền cho các chương trình khác.
Năm 1998: Xây dựng Khoa Điều dưỡng - Kỹ thuật y học trên cơ sở sáp nhập và nâng cấp Trường Kỹ thuật Y tế Trung ương III. Khoa đảm trách đào tạo các chương trình về điều dưỡng và kỹ thuật y học.
Năm 1999: Xây dựng Khoa Y tế Công cộng trên cơ sở sáp nhập Bộ môn Y tế Công cộng của Khoa Y và Khoa Tổ chức - Quản lý của Viện Vệ sinh Y tế Công cộng. Khoa đảm trách đào tạo các chương trình về y tế công cộng, y học dự phòng và các môn học có liên quan.
Ngày 18.10.2000: Bệnh viện Đại học Y Dược được thành lập theo Quyết định số 3639/2000/QĐ-BYT ngày 18/10/2000, trên cơ sở sáp nhập 3 phòng khám Đa Khoa thuộc Khoa Y, Khoa Điều dưỡng - Kỹ thuật Y học và Khoa Y học Cổ truyền. Hiện nay Bệnh viện ĐHYD TPHCM trở thành Bệnh viện hạng Nhất hiện đại với gần 1.000 giường bệnh, đáp ứng yêu cầu thực hành khám chữa bệnh. Bệnh viện là đơn vị đào tạo, đơn vị nghiên cứu lâm sàng, nơi ứng dụng và chuyển giao các kỹ thuật tiên tiến trong khám chữa bệnh có uy tín cả nước và có vai trò quan trọng trong hợp tác quốc tế.
Ngày 18.06.2003: Trường Đại Học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh được đổi tên thành Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh (ĐHYD TP.HCM) theo Quyết định số 2223/QĐ-BYT ngày 18/6/2003 của Bộ trưởng Bộ Y tế.