Đào tạo sau đại học là một trong các nhiệm vụ trọng tâm của Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh. Cùng với sự phát triển nhà trường, đào tạo sau đại học ngày càng phát triển về số lượng và chất lượng, khẳng định ưu thế vượt trội bởi số lượng ngành, chuyên ngành đào tạo ở các bậc học; lực lượng viên chức, giảng viên cơ hữu; điều kiện cơ sở vật chất; trang thiết bị; các trung tâm chuyên sâu và hệ thống bệnh viện, cơ sở thực hành.
Bậc đào tạo sau đại học với 168 chuyên ngành thuộc các loại hình đào tạo gồm: 28 chuyên ngành bác sĩ nội trú, 46 chuyên ngành chuyên khoa cấp I, 47 chuyên ngành chuyên khoa cấp II, 25 chuyên ngành trình độ thạc sĩ và 22 chuyên ngành trình độ tiến sĩ.
Các học viên sau đại học của Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh sau khi tốt nghiệp đã trở thành các hạt nhân ở các cơ sở y tế, đã và đang đảm nhiệm các vị trí quan trọng trong quản lý và chuyên môn của ngành y tế ở các tỉnh, thành phố phía nam, là lực lượng đóng góp rất lớn vào sự phát triển của ngành y tế, nâng cao chất lượng phục vụ, chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân. Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh không ngừng đổi mới, phát huy thế mạnh đào tạo - nghiên cứu khoa học - chuyển giao công nghệ, cung cấp nguồn nhân lực chất lượng cao, chuyên sâu cho hệ thống y tế ở khu vực phía Nam.