Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh (Đoàn TNCS HCM) Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh được chính thức thành lập vào năm 1977. Sau một chặng đường dài 46 năm từ lúc hình thành, Đoàn TNCS HCM Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh ngày một vững mạnh, phong trào thanh niên luôn luôn đổi mới, sáng tạo, hình thức đa dạng, nội dung phong phú, phù hợp với nhu cầu và lợi ích thiết thực của thanh niên. Uy tín của tổ chức Đoàn ngày càng được nâng cao. Tất cả là kết quả của một quá trình nỗ lực, hoạt động tâm huyết của rất nhiều thế hệ cán bộ Đoàn Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh, trong đó sự đóng góp của Ban chấp hành Đoàn các khoa, các chi Đoàn lớp... Sự chỉ đạo, định hướng kịp thời của Đảng ủy Nhà trường là những yếu tố quan trọng góp phần làm nên thành công rực rỡ ngày hôm nay. Trong thời kỳ mới, Đoàn Thanh niên Đại học Y Dược hoạt động với mục tiêu nâng cao giá trị hình mẫu của người sinh viên Y Dược, tăng cường hội nhập và chuyển đổi số trong các hoạt động. Nhiệm kỳ 2022-2024, Ban chấp hành Đoàn trường gồm 27 thành viên, Bí thư Đoàn trường là Đ/c Nguyễn Ngọc Tú, hai Phó Bí thư là Đ/c Hồ Ngọc Lợi và Đ/c Đoàn Duy Tân.
Với phương hướng phát huy truyền thống tốt đẹp của Nhà trường và các thế hệ đi trước để xây dựng chương trình hoạt động phục vụ cho sinh viên, đáp ứng được sứ mạng của Nhà trường. Đồng thời tăng cường hội nhập quốc tế và chuyển đổi số trong các hoạt động của Đoàn thanh niên, từ đó xây dựng mô hình, giải pháp hiệu quả cho các hoạt động, phù hợp với đặc thù riêng của từng khoa trong khối thống nhất của ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh.
Các hoạt động xoay quanh nội dung: Giáo dục chính trị tư tưởng và chăm lo đời sống đoàn viên, sinh viên; Hoạt động học tập và nghiên cứu khoa học; Hoạt động phong trào văn hóa, văn nghệ, thể dục thể thao; Phong trào thanh niên, sinh viên tình nguyện; Hoạt động nghiệp vụ xây dựng Đoàn - Hội; Bồi dưỡng đoàn viên ưu tú giới thiệu cho Đảng. Một số hoạt động nổi bậc trong năm như:
Các hoạt động Đoàn thanh niên trường từng bước hiểu rõ và nắm bắt nhu cầu tâm lý của sinh viên, lấy sinh viên làm trung tâm trong việc xây dựng nội dung. Từ đó, đã hỗ trợ tốt cho sinh viên trong học tập và rèn luyện, trở thành người bạn đồng hành của sinh viên.