Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh luôn xem nghiên cứu khoa học là một trong hai hoạt động chủ yếu của nhà trường và cũng là một trong các nhiệm vụ của giảng viên, đồng thời chủ trương kết hợp chặt chẽ giữa đào tạo với nghiên cứu khoa học.
Các nghiên cứu bao gồm cả nghiên cứu cơ bản và nghiên cứu ứng dụng, nhưng ưu tiên định hướng ứng dụng và áp dụng các thành tựu khoa học, kỹ thuật tiên tiến vào thực tế Việt Nam, góp phần phát triển nền y dược học theo chiến lược của ngành.
Số lượng các hoạt động và đề tài nghiên cứu khoa học ngày càng tăng và cùng với hoạt động đào tạo đã góp phần nâng cao ảnh hưởng và vị thế của nhà trường ở trong nước cũng như quốc tế.
Một thành tựu nổi bật gắn liền với hoạt động khoa học là việc xuất bản tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh. Tạp chí đã duy trì và phát triển đến ngày nay.
Tạp chí Y học Thành phố Hồ Chí Minh được Bộ Thông tin và Truyền thông cấp Giấy phép Hoạt động Báo chí ngày 24 tháng 05 năm 1996 với mã số ISSN 1859-1779 và tái cấp giấy phép ngày 09 tháng 04 năm 2012. Tạp chí xuất bản số đầu tiên vào tháng 10/1996, lúc đâu chỉ 2-3 số/năm, hiện nay tạp chí xuất bản 6 số/năm và nhiều số đặc biệt theo chuyên đề phục vụ các hội thảo, hội nghị khoa học của các chuyên ngành hàng năm. Tháng 8 năm 2016, tạp chí được cấp bổ sung giấy phép xuất bản thêm mỗi năm 4 số báo tiếng Anh. Tạp chí đã góp phần cho công tác đào tạo và nghiên cứu khoa học, nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ của cán bộ y tế, góp phần cập nhật thông tin y học, nhất là các nghiên cứu chuyên sâu, phục vụ công tác phòng chống bệnh tật cho các đối tượng có quan tâm, đặc biệt là các sinh viên đại học, học viên sau đại học ngành y dược, các thầy thuốc công tác tại các trường đại học y dược, các bệnh viện và ngành y tế trong cả nước.