Hợp tác Quốc tế là một trong các hoạt động hàng đầu luôn được nhà trường chú trọng và phát triển sâu rộng, đáp ứng nhu cầu hội nhập quốc tế và mục tiêu đào tạo của Trường. Trường không ngừng mở rộng quan hệ hợp tác.
Hiện nay Trường đã ký khoảng 132 thỏa thuận hợp tác về trao đổi sinh viên, giảng viên và các thành viên Khoa, chương trình nghiên cứu chung.
Hằng năm Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh tiếp các đoàn Đại học nước ngoài sang tham quan và tìm cơ hội hợp tác trong các lĩnh vực Y, Nha, Dược, Y tế Công cộng, Điều Dưỡng.
Trường phối hợp với các đơn vị tổ chức và xin phép Bộ Y tế các hội nghị hội thảo có yếu tố nước ngoài.
Ngoài ra Trường đã tiếp nhận rất nhiều sinh viên nước ngoài đến kiến tập ngắn hạn (2 – 4 tuần) từ các quốc gia: Pháp, Thụy Điển, Áo, Nhật Bản, Đức, Mỹ sang thực tập tại các Bộ môn Nội, Ngoại, Sản, Nhi và Hồi sức cấp cứu.
1. Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh là đối tác với các tổ chức quốc tế
AUF: Mạng lưới các Trường Đại học có sử dụng Tiếng Pháp.
ASEAUNINET: Mạng lưới các Trường Đại Học Đông Nam Á.
SATO: Mạng lưới các thành viên Hiệu trưởng Đông Nam Á.
2. Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh hợp tác với các Trường Đại học, Viện nghiên cứu thế giới.
Pháp: Ðại học Bordeaux II, Đại học Lille, Đại học Lyon I, Đại Học Joseph Fouries Grenoble I, Đại Học Đào Tạo bác sĩ tâm lý, AUF.
Hoa Kỳ: Đại học Texas-Tech, Đại học Louisianna, Beth Israel Deaconess Medical Center, Boston MA, Cao đẳng ATI, Đại học California Northstate, Shorelight Education, Đại học bang New Jersey, Hệ thống Đại học Georgia, Đại học Y Harvard.
Hà Lan: Đại học Groningen.
Nhật Bản: Ðại học Y Nha khoa Tokyo, Đại Học Tokyo, Đại Học Hiroshima, Đại Học Yamanashi, Đại Học Takasaki, Đại Học Tsukuba, Fukushima Medical University school of Medicine, Đại Học Phúc lợi và sức khỏe (IUHW), Đại Học Nigata College, Đại Học Y Hensei, Đại Học Chiba, Đại học y tế và sức khỏe Takazuka, Đại học Shiga, Đại Học Kyoto, Hiệp hội giao lưu quốc tế về y tế và giáo dục (IFECE).
Úc: Ðại học Adelaide, University of Sydney, Đại Học Charles Sturt, Đại học Monash.
Canada: Đại học British Columbia,
Thái Lan: Ðại học Mahidol, Đại Học Khon Kaen, Đại Học Chiangrai Rajabhat, Biodiversity-Based Economy Development, Học Viện Praboromarajchanok, Đại học Đông Aisa.
Cộng hòa Slovakia: Slovak Medical University Bratislava.
Liên Bang Nga: Đại Học Y Khoa TP Novosibirsk.
Thụy Sĩ: Bệnh viện Đại Học Geneve.
Hungary: Đại Học Semmelweis, Budapest.
Hàn Quốc: Đại Học Yonsei, Đại Học Quốc tế Seoul, Đại Học Baekseok, Đại Học Kangwon, Đại Học SoonChungyang, The Korea Military Merit Awardees Association, Đại Học Gachon, Đại Học Chung – Ang, Đại học Daegu Haany.
Đài Loan: Bệnh viện Tổng Quát CaThay, Đại Học Yuanpei, Đại Học Taipei Medical, MeiHo University, National Cheng Kung University, China Medical University, MOU National Yang-Ming University, Kaohsiung Veterans General Hospital, Chang Gung University.
Phần Lan: Finland University, Saimaa University of Appied Sciences, Đại học Tampere.
Trung Quốc: Anhui University, Hubei University Chinese Medicine.
Đan Mạch: Đại học Bắc Đan Mạch.
Georgia: Đại học New Vision.
Ý: Đại học Pisa, Viện Ung thư Quốc gia, Napoli, IRCCS Istituto Neurologico Mediterraneo Neuromed.
Tây Ban Nha: Đại học Deusto.
Đức: Lugwig – Maximilians – Universitӓt München (LMU Munich), Munich.
Bỉ: Đại học Ghent.
Malaysia: Cao đẳng đại học Maiwp quốc tế, Đại học Ternikal Mara.
Campuchia: Đại Học Puthisatra.
Philippines: Đại học San Agustin.
Ngoài ra Đại học Y Dược còn hợp tác với đơn vị khác như: Ủy ban Y Tế Hà Lan - Việt Nam, Handicap International (Tổ Chức Phi Chính Phủ), Lawrence S. Ting Foundation (LSTF).