Hợp tác quốc tế là một trong các hoạt động hàng đầu luôn được nhà trường chú trọng và phát triển sâu rộng, đáp ứng nhu cầu hội nhập quốc tế và mục tiêu đào tạo của trường. Trường không ngừng mở rộng quan hệ hợp tác, hiện nay trường có 60 thỏa thuận hợp tác quốc tế còn hiệu lực với các trường đại học, các tổ chức, các hội chuyên khoa và các bệnh viện trên thế giới. Hằng năm có hàng trăm hội thảo khoa học quốc tế, các chương trình trao đổi sinh viên và giảng viên trong hoạt động đào tạo, nghiên cứu khoa học, nhằm nâng cao chất lượng chuyên môn, phục vụ công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học và phục vụ cộng đồng.
Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh là thành viên của các tổ chức quốc tế
- AUPELF-UREF, AUF: Mạng các trường Ðại học có sử dụng tiếng Pháp. Trường có 3 nhóm lớp dạy tiếng Pháp cho sinh viên chọn lựa học tiếng Pháp ở Khoa Y, Khoa Răng Hàm Mặt và Khoa Dược.
- CIDMEF: Hiệp hội các Khoa trưởng Khoa Y sử dụng tiếng Pháp với các hoạt động về đào tạo y khoa liên tục, về thư viện sách, thư viện điện tử.
- ASEAUNINET: Mạng các trường Ðại học ở Ðông Nam Á.
- WONCA: Hiệp hội thầy thuốc gia đình thế giới.
- SIDA: Tổ chức phát triển quốc tế của Thụy Ðiển.
- SIF: Tổ chức của Singapore giúp các nước về mặt y tế.
- Materra: Hiệp hội của Ðức về bảo vệ bà mẹ và Trẻ em.
- DAAD: Tổ chức trao đổi hàn lâm của Ðức.
Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh hợp tác với các trường đại học, Viện nghiên cứu thế giới
- Pháp: Ðại học Aix Marseille II, Ðại học Bordeaux II, Ðại học Nantes, Ðại học Paris. Ðại học Rennes, Ðại học Strasbourg, Đại học Lille, Đại học Lyon I, Đại Học Joseph Fouries Grenoble I, Đại Học Đào Tạo bác sĩ tâm lý.
- Hoa Kỳ: Ðại học UCLA, Ðại học UCSF, Ðại học Kentucky, Ðại học Houston, Ðại học Baylor, Viện trao đổi y khoa quốc tế, Ủy ban Khoa Học Hoa Kỳ hợp tác với VN, Viện Hàn lâm Hoa Kỳ về phẫu thuật Ðầu Mặt-Cổ, Đại học Texas-Tech, Đại học Boston, Đại học Louisianna.
- Hà Lan: Dự án Tăng cường giảng dạy tại 4 khoa y Việt Nam và Tăng cường giảng dạy hướng cộng đồng tại 8 trường y Việt Nam.
- Nhật: Ðại học Y Nha khoa Tokyo, Đại Học Tokyo, Đại Học Hiroshima, Đại Học Yamanashi, Đại Học Takasaki, Đại Học Tsukuba, Fukushima Medical University school of Medicine, Đại Học Phúc lợi và sức khỏe (IUHW), Đại Học Nigata College, Đại Học Y Hensei, Đại Học Chiba, Đại học y tế và sức khỏe Takazuka, Shiga University.
- Úc: Ðại học Adelaide, University of Sydney.
- Canada: Ðại học Montreal, University of British Columbia.
- Thái Lan: Ðại học Chulalongkorn, Ðại học Mahidol, Ðại học Burapha, Đại Học Khon Kaen, Đại Học Chiangrai Rajabhat, Biodiversity-Based Economy Development.
- Cộng hòa Slovakia: Slovak Medical University Bratislava
- Liên Bang Nga: Đại Học Y Khoa TP Novosibirsk, Dmitry Rogachew National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of the ministry of healthcare of the Russian Federation
- Thụy sĩ: Bệnh viện Đại Học Geneve
- Hungary: Đại Học Semmelweis, Budapest
- Hàn quốc: Đại Học Yonsei, Đại Học Quốc tế Seoul, Đại Học Baekseok, Đại Học Kangwon, Đại Học SoonChungyang, The Korea Military Merit Awardees Association
- Đài Loan: Bệnh viên Tổng Quát CaThay, Đại Học Yuanpei, Đại Học Taipei Medical, MeiHo University, National Cheng Kung University, China Medical University, MOU National Yang-Ming University
- Phần lan: Finland University, Saimaa University of Appied Sciences
- Trung quốc: Anhui University, Hubei University Chinese Medicine
- Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh không chỉ đào tạo sinh viên trong nước mà cả sinh viên nước ngoài, gồm sinh viên Campuchia, Lào, Mông Cổ với các ngành Y, Dược, Răng Hàm Mặt ở bậc đại học hệ chính quy. Hàng năm, trường đều tiếp nhận sinh viên và học viên từ các nước Mỹ, Nhật, Úc, Canada, Đức, Áo, Thụy Điển, Malaysia, Thái Lan, Philippines, Indonesia… đến thực tập ngắn hạn tại các khoa Y, Dược, RHM, Điều dưỡng, Y tế công cộng, Y học cổ truyền và Bệnh viện ĐHYD.
Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh tham gia các công trình hợp tác quốc tế
- Dự án Việt Nam – Hà Lan: đẩy mạnh chương trình giáo dục đại học hướng cộng đồng cho các trường đại học y trên toàn quốc.
- Chương trình đào tạo y tế Việt Nam, hỗ trợ phát triển điều dưỡng, chăm sóc bệnh nhân giai đoạn cuối, nâng cao kiến thức về vật lý trị liệu, công tác đào tạo điều dưỡng.
- Đề tài hợp tác với Thụy Điển: “Nghiên cứu chiến lược phát triển sức khoẻ ở Việt Nam trong thời kỳ đổi mới”.
- Đề tài hợp tác giữa Khoa điều dưỡng – kỹ thuật y học với Canada “Phát triển cộng đồng nghèo của Việt Nam”: “Xác định cách tiếp cận để phát triển các can thiệp y tế phù hợp về mặt văn hoá ở Việt Nam.”
- Đề tài “Nghiên cứu chế tạo sản phẩm phòng ngừa bệnh sâu răng từ nhựa cánh kiến (Shellac)”
- Đề tài hợp tác với Đại học Pittsburgh (Mỹ): “Hiệu quả và tác dụng của việc dùng hai liều Doxycycline trong nạo hút thai: nghiên cứu thực nghiệm ngẫu nhiên mù đôi”.
- Đề tài hợp tác với Australia: “Điều trị những triệu chứng không thể giải thích được về mặt y khoa trong chăm sóc sức khỏe ban đầu tại Việt Nam: Thử nghiệm lâm sàng liệu pháp điều trị hành vi, chăm sóc cấu trúc và điều trị”.
- Đề tài hợp tác với Thụy Điển: “Trầm cảm, lo âu, căng thẳng và chất lượng cuộc sống của bệnh nhân mắc bệnh phổi tắc nghẽn mạn tính”.
- Đề tài hợp tác với Nhật Bản: “Nghiên cứu về vai trò chăm sóc người bệnh nội trú của thân nhân và điều dưỡng tại Việt Nam”.
- Dự án đổi mới chương trình đào tạo bác sĩ y khoa với Khoa Y, Đại học Geneva và Đại học Y Harvard…
- Chương trình hợp tác giáo dục ''The Collaborative Educational Program (2018-2022)'' với Đại học Texas Tech tại El Paso (TTUHSC El Paso), trong việc Đào tạo Phát triển Giảng viên và xây dựng Trung tâm Mô phỏng lâm sàng.